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El hecho de que dos lenguas tengan el mismo orden de palabras dentro de la oración no quiere decir que estén relacionadas entre sí. Para saber si existe una relación hay que estudiar su genealogía y clasificarlas desde el punto de vista genético. Esta clasificación, a diferencia de la tipológica, supone la comparación de los sistemas fonéticos y de las unidades de significación para demostrar su grado de parentesco. Del mismo modo que los parecidos familiares entre las personas muestran su raíz genética, entre las lenguas emparentadas existen parecidos aunque se trate de lenguas muertas.
Los miembros de una familia lingüística poseen una conexión histórica y descienden de un antepasado lingüístico común. Los árboles genealógicos muestran las relaciones entre las lenguas; la lengua troncal más antigua se encuentra en la cúspide del árbol y las ramificaciones subsiguientes muestran el grado de alejamiento o proximidad entre los miembros de la familia. Las lenguas emparentadas lo están en sus elementos gramaticales y en el léxico, y exhiben correspondencias regulares entre los sistemas fonético y semántico. Por ejemplo, la palabra inglesa fish y la española pez corresponden a la latina piscem; asimismo, la inglesa father y la española padre corresponden a la latina patrem. Donde el latín tiene -t- en posición interior de palabra, el español tiene -d- y el inglés -th-, como lo muestra el grupo anterior patrem, padre, father. Todas están emparentadas, son calcos, es decir, genéticamente es la misma palabra. Donde el latín y el español tienen p-, el inglés tiene f-. La lingüística comparada estudia el campo en el que se establecen las correspondencias sistemáticas entre fonemas y sememas (sonidos y unidades de significado) de las palabras calco (también llamadas cognadas). Por medio de la comparación entre las lenguas vivas ya agrupadas se intenta reconstruir el antepasado común, perdido en muchos casos. A estas lenguas precursoras, hoy total o parcialmente reconstruidas, se las califica como proto, como el proto-indoeuropeo.
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